Localização: O município de São João Nepomuceno está inserido na mesorregião da Zona da Mata mineira, fazendo parte da microrregião de Juiz de Fora, segundo a classificação da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (FIBGE).
Fazem parte desta região os municípios de Santos Dumont, Santa Rita do Jacutinga, Rio Preto, Belmiro Braga, Simão Pereira, Santana do Deserto, Chiador, Mar de Espanha, Olaria, Lima Duarte, Pedro Teixeira, Bias Fortes, Santa Rita do Ibitinga, Ewbank da Câmara, Aracitaba, Oliveira Fortes, Paiva, Piau, Coronel Pacheco, Descoberto, Rio Novo, Chácara, Bicas, Rochedo de Minas, Maripá de Minas, Guarará, Senador Cortes, Pequeri, Matias Barbosa e Goianá, formando a maior microrregião da Zona da Mata, tendo como núcleo urbano mais importante a cidade de Juiz de Fora.
A cidade tem como coordenadas geográficas 21o 32’ de latitude sul e 43o 00’ 38″ de longitude a oeste de Greenwich. Dista da capital do estado 322 km, no rumo sudeste-noroeste.
Limita-se ao norte com o município de descoberto, ao sul com Rochedo de Minas e Maripá de Minas, a leste com uma parte da microrregião de Cataguases e a oeste com Rio Novo.
Centros Nacionais:
Belo Horizonte – 322 km
Brasília – 1.115 km
Vitória – 410 km
Rio de Janeiro – 247 km
São Paulo – 574 km
Pólos Regionais:
Juiz de Fora – 65 km
Ubá – 88 km
Muriaé – 143 km
Além Paraíba – 120 km
Barbacena – 130 km
